Departemen Kerohanian adalah departemen yang mewadahi kegiatan-kegiatan yang menyangkut kerohanian, islami serta menghidupkan suasana religi yang berlandaskan alqur-an dan hadist. Deparetemen kerohanian berada dalam kepengurusan BEM KEMAKOM yang didalamnya terbagi menjadi dua biro, yang pertama biro syi’ar dan yang kedua adalah biro pembinaan.

Biro Syi’ar adalah biro yang berfungsi sebagai suatu wadah yang menyebarkan dan menjalankan kegiatan-kegiatan yang ada di departemen kerohanian bersifat menyeluruh.
Biro Keputrian adalah biro yang berfungsi mengadakan kegiatan yang positif, islami, bermanfaat untuk Para Muslimah di Kemakom. Sedangkan biro Pembinaan adalah biro yang berfungsi sebagai pembinaan terhadap anggota deproh, warga kemakom, bahkan anggota bem nya sendiri dalam hal nasehat menasehati dan juga dalam berbuat kebaikan.